努尔哈赤见小小的宁远城，还有人防守，惊讶万分，派人打听，才知道是袁崇焕在守！
他对袁崇焕并不重视，当下将抓到的明朝百姓，放回宁远，并让他们劝袁崇焕投降。
袁崇焕断然拒绝。
努尔哈赤大怒，当下举大军进攻宁远城，并让士兵举着盾牌攻凿城墙。
袁崇焕之所以敢守孤城对抗所向无敌的努尔哈赤，是因为他有两种武器，一是坚城，凭坚城而守；二是大炮。
有了这两样，袁崇焕自信可以与努尔哈赤一战！
他让罗立等人指挥西洋巨炮，炮轰后金军，后金军在巨炮的攻击下溃不成军。
努尔哈赤不甘心，连续攻城两天，结果损失惨重。
努尔哈赤哪里会甘心？他战无不胜，怎么会在小小的宁远城里翻船？
他就算士兵踩着尸体，也要攻破宁远城！
可惜的是，在一声炮响中，后金重要的人物被轰中。
后金兵不得不撤退了！
这个被轰中的人，历史上没有详细写出来，后金打死不承认是努尔哈赤。
但是，我们通过后金的撤兵，以及努尔哈赤不久就去世，可以推断，这个被大炮轰中的人，很可能就是努尔哈赤！
袁崇焕，也凭着这一战成名，成为唯一击败过努尔哈赤的人！
宁远保卫战胜利后，明廷举朝欢喜，升袁崇焕为右佥都御史。
后金军攻不破宁远城后，转而大肆攻略觉华岛，杀死参将金冠及军民数万人，而袁崇焕刚刚竭尽全力保全了宁远，无力救援觉华。
宁远大捷后，经略高第及杨麟因为不发援军被罢官，明廷以王之臣和赵率教将其替代。
天启六年，公元1626年三月，明廷重新设立辽东巡抚，并以袁崇焕担任，魏忠贤派其党羽刘应坤、纪用一同前来镇守，袁崇焕上疏请求将其调离，但遭到拒绝，明廷又加袁崇焕为兵部右侍郎，子孙世荫锦衣千户。
但不久之后，袁崇焕解了宁远之围，逐渐骄横起来，与大将满桂闹不和。
袁崇焕上疏请求将满桂调往别处，明廷于是召满桂回朝。
经略王之臣奏书请求留住满桂，袁崇焕又因此与王之臣闹不和。
明廷担心这两个人闹矛盾会影响大事，于是将俩人分开，王之臣督关内，袁崇焕守关外。
这些事，让我们知道，袁崇焕是名将领，但是，决不能当主帅，因为，他和其他将领的关系根本搞不好！
为将在勇，为帅在度！
袁崇焕一点大度都没有，岂能当主帅？
八月，努尔哈赤病死，袁崇焕派遣使者前往吊唁，以刺探虚实，皇太极遣使回报。
袁崇焕想要和后金议和，于是，自写书一封再次派遣使者前往。
冬十月，袁崇焕领刘应坤、纪用、赵率教等将巡视锦州、大小凌河等地，想要大兴屯田，恢复高第放弃的疆土，魏忠贤、刘应坤等人的子孙因此可以享受世代荫袭锦衣千户，袁崇焕从原来的锦衣千户进升为指挥佥事。
袁崇焕上书说：“辽东的败坏，虽然是人心不稳固，也因为失去了有形的险要，没有东西可用来坚固人心。部队不利于野战，只有依凭坚固的城墙和使用大炮一种方法。如今山海关的四座城池已经修复一新，应当再修松山诸城，轮值的军队四万人，缺一不可。”
皇上回书给袁崇焕答应了他的请求。
天启七年，公元1627年正月，皇太极同意了袁崇焕的请和，举兵渡鸭绿江征讨朝鲜。
明廷觉得袁崇焕与王之臣不能相互协作，于是，将王之臣召回，不再设立经略一职，关内外尽属袁崇焕管理。
袁崇焕于是趁皇太极举兵朝鲜之际，派人修缮锦州、中左、大凌三城。而朝鲜和毛文龙同时向明廷告急，明廷命袁崇焕前往救援。
袁崇焕派遣水军增援毛文龙，又派左辅、赵率教、朱梅等人率领九千兵力逼近三岔河，以牵制后金军。
而朝鲜倒向后金，进攻毛文龙，却被毛文龙击败，后金军也被毛文龙击退，史称“丁卯之役”。
这一战役，实际上毛文龙的作用非常大，打战也是好手。
这样的人，能够同心协力，共同对敌后金，袁崇焕将多一个帮手。
可惜的是，毛文龙还是被袁崇焕给杀了！
同年四月，赵率教在锦州督护城防建造工程，明廷派尤世禄前来接替赵率教，又以左辅为前锋总兵官，驻扎大凌河。
五月，皇太极从朝鲜退兵后，率兵直抵锦州，将其包围。
赵率教与纪用一方面闭城坚守，一方面派遣使者议和，想以此拖延时间等待援军，使者跑了三个来回仍旧没有决定，而后金军的攻势越来越猛。
袁崇焕以宁远的兵力不能轻易调动，于是让尤世禄、祖大寿率领精锐骑兵四千绕到大军后面决战，另派遣水军从东面进行牵制，并请求蓟镇等地发兵东护关门。
明廷命山海关的满桂移驻前屯，三屯孙祖寿移往山海关，宣府黑云龙移往一片石，蓟辽总督阎鸣泰移到关城，又调动昌平、天津、保定的部队奔赴上关；传檄山西、河南、山东等地的守将整备好兵马听候调遣。
尤世禄刚要整备出发，后金军又分兵来攻宁远，袁崇焕与刘应坤、毕自肃率将士登上城楼防守，在濠沟内排列阵营，用炮远距离轰击。而满桂、尤世禄、祖大寿在城外与后金军搏战，死伤比较多，满桂也中箭负伤。
后金军从宁远撤退后增加锦州的攻势，但仍旧无法攻克，而且伤亡惨重，六月，后金军撤兵，史称“宁锦大捷”。
宁锦之战后，满桂、赵率教等人都得到了应有的赏赐，但袁崇焕却因为魏忠贤让他的党羽弹劾袁崇焕不救援锦州，论功行赏时，只给袁崇焕增加一级官阶。
尚书霍维华为此感到不平，上疏乞求辞去荫袭子孙的赏赐，但魏忠贤不许。
七月，气愤的袁崇焕辞官回乡。
明廷以王之臣接替袁崇焕为督师兼任辽东巡抚，驻扎宁远。
袁崇焕轻易辞职，这也体现了他容易冲动的一面。