崇祯二年，公元1629年，还没等后金来进攻，明朝守军自己先乱了。
驻守宁远的来自于川、湖等地的士兵，因为军饷的事而哗变。
袁崇焕忙用计将他们平定，之后，他请求将宁远、锦州合为一镇，让祖大寿镇守锦州，何可刚替代朱梅驻宁远，赵率教守关门，袁崇焕自己驻宁远，同时上书给朱由检极力称赞祖大寿等三人的才能，并说自己五年复辽的计划全靠这三人来实现，如果五年后没有实现，他将亲手将这三人斩杀，自己到司法部门领罪服死。
朱由检见袁崇焕如此敢立军令状，对他更是信任，当下加封袁崇焕为太子太保，并赐给蟒衣银币。
也在这一年，袁崇焕以东江毛文龙虽然能牵制后金军，但毛文龙耗费的钱粮实在太大，当下上书请求让朝廷派人来管理毛文龙部的军饷。
毛文龙不喜欢有文官监制着自己，于是上书争辩。
之后，毛文龙前来拜谒袁崇焕，袁崇焕以上宾之礼接待毛文龙，毛文龙也不谦让，袁崇焕看到毛文龙如此作大，当下决定杀掉毛文龙。
同年五月，袁崇焕以阅兵为由去见毛文龙，毛文龙设宴与袁崇焕喝酒，俩人常常喝到半夜，毛文龙没有觉察到袁崇焕的来者不善。
袁崇焕提议更改军营制度，设置监察官员。
这是给毛文龙暗示，他要是听从自己建议的话，可以不死。
可惜的是，毛文龙对此建议感到不高兴。
袁崇焕又用回乡来打动他，给他最后一条生路。
毛文龙不悟，说：“我向来有这个意思，但只有我知晓辽东的事务，辽东的事情解决后，朝鲜衰弱，可以袭击占有。”
袁崇焕对毛文龙的回答感到不高兴，对毛文龙杀意已起。
之后，袁崇焕邀请毛文龙观看将士射箭，预先在山上设置好帐篷，令参将谢尚政等率兵埋伏在帐外。
毛文龙到了之后，他的部下没能入内。
袁崇焕说：“我早晨就走，你担当海外的重托，请受我一拜。”
毛文龙回拜之后，俩人开始登山。
路上袁崇焕问随从官员的姓名，大多都是姓毛的。
毛文龙说：“这些都是我的孙子。”
袁崇焕笑着说：“你们在海外长久劳累，每月禄米只有一斛，说来痛心，也受我一拜，请为国家尽力。”
众人都叩头道谢。
这时候的袁崇焕，看起来真是礼貌彬彬，丝毫没有杀气。
袁崇焕接着说几件毛文龙违法做的事，毛文龙与其争辩。
袁崇焕突然厉声斥责毛文龙，下令将毛文龙的冠服去除并捆绑起来。
毛文龙表示不服，袁崇焕当下列数毛文龙的十二条罪状，同时拿出了尚方宝剑！
毛文龙这才惊恐万分，他万万想不到与自己同级的袁崇焕，竟然敢擅自斩杀自己！
袁崇焕向来敢于冒险，胆子也大，当下管不了那么多了，直接把毛文龙给斩了！
袁崇焕杀了毛文龙之后，害怕他的部下叛变，于是增加他们的饷银，但是岛上的人没有主帅，人心背离，难以使用，而后会导致叛离。
袁崇焕上书给明廷：“东江镇是牵制敌人所必须依托的。现确定两协的编制，马军十营，步军五营，每年饷银四十二万，米十三万六千。”
朱由检对兵员减少军饷却增加的事情感到疑虑，但是一看是袁崇焕奏请的，也就答应了他。
朱由检对于袁崇焕擅自斩杀毛文龙的事，自然是感到震惊，没想到袁崇焕胆大包天到这种程度，国家的将领，他说杀就杀，连圣旨也不请示！但是，现在是依靠袁崇焕的时候，只能赞同袁崇焕杀死毛文龙了！
这一事上，袁崇焕情商很低，不请示就擅自杀死将领；而朱由检的情商很高，知道依靠袁崇焕的时候，不能开罪他。
这时的朱由检，可以说，对袁崇焕已经另一种态度了，那就是由绝对的信任，转为不满了！只是，他没有说出来而已！
崇祯二年，公元1629年十一月，后金主皇太极举兵数十万，绕开宁远防线，分别进入龙井关、大安口，进攻京城！
袁崇焕听闻后，率领祖大寿、何可刚入关守卫，所经过的蓟州、抚宁、永平、迁安、丰润、玉田各城，都分兵留守。
朱由检得知后，非常高兴，下令嘉奖袁崇焕的部下，并让袁崇焕统领指挥各地援军。
但不久之后，遵化、三屯营都被后金军攻破，赵率教也在遵化战役中中流矢阵亡，巡抚王元雅、总兵朱国彦自尽而死。
后金军越过蓟州往西，直逼京城，袁崇焕忙率兵护卫京师。
袁崇焕只用了短短七天的时间，就赶到了京城。
朱由检召见袁崇焕，赏赐御用酒菜及貂裘慰劳袁崇焕，袁崇焕以兵马长途奔波，疲惫不已，请求入城休整。
这个请求，不能说袁崇焕是错的，因为依城而守，凭城击败后金，这是个好法子。
可惜的是，他没有顾忌到皇帝是怎么想的！
袁崇焕的军队进入京城，要是作乱的话，朱由检不是成了鱼肉了？任凭袁崇焕宰割！
所以，朱由检断然拒绝了袁崇焕的请求！
这时的朱由检，对袁崇焕已经非常不满！
袁崇焕无奈，只得驻军城外，与后金军鏖战，双方互有胜负。
袁崇焕令戴承恩在广渠门列阵，祖大寿于南面列阵，王承胤在西北列阵，袁崇焕在西面列阵以备战，中午时刻，清骑兵从东南面进攻，祖大寿率兵奋力接战，而王承胤却拔阵向南避战。
后金军力战祖大寿不下，于是，只得撤退。
明将刘应国、罗景荣等人率兵进行追击，杀伤后金军千余人，而明军死伤也很多。
明军收兵后，朱由检用酒食犒赏军队。
袁崇焕有派遣任守忠率领五百人用火炮轰打金营，后金军撤退，京都之围遂解。
这一战保卫京城之战，袁崇焕可谓有功，可是，从另一点来看，他就无功了！
朱由检把镇守辽东的权力全权交给了袁崇焕，而袁崇焕也信誓旦旦，说五年内复辽！可是，不用五年，只有两年时间，袁崇焕不但没能复辽，还防不住后金，让后金攻打到京城来！
这简直是混账！
后金军退兵后，袁崇焕被唤进京城，然后，被朱由检抓捕了起来！
袁崇焕千里迢迢赶来救援京师，自认为有功无罪，但是，朝中大臣却有很多人认为是袁崇焕放清兵入关，于是纷纷诽谤袁崇焕与后金军有勾结，朱由检对此也很怀疑。
这时，后金军也设计离间，故意让被俘的太监听到袁崇焕勾结后金的消息，然后，把太监放了回去。
这个离间计，自然是胡编乱造的，因为，袁崇焕要是真的勾结后金的话，怎么会以死捍卫京城？这不是吃饱撑吗？
这是用脚指头想想都不可能的事！
朱由检这样智商和情商的人，自然不会相信了，但是，他对袁崇焕的不满，已经到了极点！也就是说，不管袁崇焕勾不勾结后金，他都得死！
十二月，朱由检将袁崇焕下狱。
皇帝将袁崇焕下狱，这就释放出一个信号了，谁不把袁崇焕往死里搞？
魏忠贤遗党王永光、高捷、袁弘勋、史褷等人想趁机给魏忠贤报仇，以擅自与后金军议和、擅杀毛文龙两条罪名定袁崇焕死罪，并意图一并杀死钱龙锡。
崇祯三年，公元1630年八月，袁崇焕被凌迟处死，家人被流徙三千里，并抄没家产，实则家无余财。
袁崇焕被处以极刑，冤不冤？自然是冤，因为，他并没有勾结后金。
但他该不该死？
完全该死！
第一，他自己立下军令状，五年复辽，不复辽的话，自杀谢罪，可是，过了两年，别说服辽，后金都打到了京师来！袁崇焕的罪，不能说不大！
第二，擅自杀死毛文龙，连旨意都不请示，完全没有把皇帝，把王法放在眼里，罪当该诛！我们别说毛文龙是朝廷大员，就是平常百姓，他袁崇焕也不能说杀就杀啊！这一条罪，足以可以杀袁崇焕！
不过，这些都不是真正的罪过，真正的罪过是，袁崇焕已经没有了价值！
他要是能够阻挡住后金的进攻，能够让朱由检看到他逐步恢复辽东，那么，他就算吹再大的牛，杀死再多的毛文龙，他也没事！问题是，他什么事都没做成，还敢擅自杀死朝廷大员，这就过了！
我之前就说了，袁崇焕是名将领，不适合当主帅，最重要的一点，就是他的情商不够高，去做了很多没情商的事，比如，与部下闹矛盾，如满桂等；与其他将领闹矛盾，如毛文龙；完全不考虑皇帝的感受，如擅杀其他将领，要求军队进入京城。
综合来说，袁崇焕，可以成为一代名将，成为不了一代战略家！成为不了主帅！可惜的是，朱由检让他当上了主帅，把他当战略家来用。
至此，朱由检才意识到用错人了，主帅还得用真正的战略家——孙承宗。